新疆棉花主產區主要集中在南疆、北疆和東疆三大片區，其中南疆是新疆棉花產量最高的核心產區。
　　1. 南疆棉區：新疆棉花核心產區
　　 該區域是新疆棉花種植規模最大、產量占比最高的區域，產量約占新疆棉區總產量的50%-65%，有“中國棉花看新疆，新疆棉花看阿克蘇”的行業共識。
　　   - 阿克蘇地區：是南疆棉花核心種植區，年均日照超2800小時，沙質土壤透氣性排水性佳，所產棉花纖維細長、色澤潔白、強力高。
　　   - 喀什地區：氣候干燥晝夜溫差大，夜間低溫可抑制病蟲害，減少農藥使用，產出的棉花色澤光亮，馬克隆值適中，纖維成熟度和可紡性表現出色。
　　   - 和田地區：通過優化種植技術和田間管理，棉花產業實現穩步發展。
　　2.  北疆棉區：規模化種植示范區域
　　依托完善的農業基礎設施和充足的水資源，北疆棉花產業以規模化標準化種植為特色。
　　   - 昌吉州：土地肥沃水資源豐富，農業配套設施完善，注重科學種植管理，棉花品質和產量均處于較高水平。
　　   - 博爾塔拉蒙古自治州、塔城地區：憑借廣闊土地資源和適宜氣候條件，棉花產業發展迅速。
　　   - 石河子市：作為新疆生產建設兵團核心城市，擁有先進的棉花種植和加工技術，所產棉花品質上乘。
　　3.  東疆棉區：特色長絨棉產區
　　該區域依托獨特的光熱和土壤條件，是新疆長絨棉的重要種植區域。
　　- 吐魯番盆地：氣候炎熱干燥，土壤適配性強，產出的長絨棉纖維長、強度高。
　　- 哈密地區：同樣擁有適宜棉花生長的氣候和土壤條件，所產棉花纖維品質優良。